Crédit d’Impôt Recherche (CIR) : Guide Complet 2026

Premier levier fiscal de soutien à la recherche & développement en France, le crédit d’impôt recherche (CIR) représente 6,6 milliards € budgétés pour 2024, montant reconduit pour 2025 malgré la tension des finances publiques. Lorsqu’il est bien structuré, il finance jusqu’à 30 % de vos dépenses de R&D (50 % dans les DOM) et peut même être remboursé immédiatement aux PME et JEI. Mal maîtrisé, il devient un terrain miné : les contrôles fiscaux se multiplient et les redressements pleuvent. Découvrez notre guide 2025 qui décrypte votre crédit d’impôt recherche de A à Z.

1. Qu’est-ce que le CIR ?

Le CIR est un dispositif fiscal inscrit aux articles 244 quater B et suivants du Code général des impôts qui permet aux entreprises françaises, quels que soient leur taille, leur secteur ou leur régime d’imposition, de déduire une part de leurs dépenses de recherche et d’innovation de l’impôt sur les sociétés ou de bénéficier d’un remboursement.

À noter

Barème 2025

Profitez d’un crédit de 30 % sur vos dépenses de R&D jusqu’à 100 M €, ramené à 5 % au-delà. Vous êtes implanté en outre-Mer ? Le taux grimpe à 50 %. (Source : entreprendre.service-public.fr.)

Ce crédit s’applique par année fiscale sur les projets présentant un caractère scientifique ou technique nouveau et démontré dans un dossier justificatif. Les entreprises peuvent demander un rescrit préalable pour sécuriser l’éligibilité. L’administration dispose d’un délai de trois mois à compter de la réception d’un dossier complet pour répondre, délai au-delà duquel l’avis est réputé favorable.

‍

2. Quelles dépenses sont éligibles au crédit d’impôt recherche ?

Avant de détailler la liste des dépenses éligibles au crédit d'impôt recherche, rappelons que l’administration exige une traçabilité fine des coûts pour chaque projet de R&D. Faute de justificatifs, la dépense est exclue lors du contrôle. Cela vise :

• Dépenses de personnel : dépenses de personnel : salaires des chercheurs, ingénieurs et techniciens, majorés d’un forfait de charges sociales évalué à 43 % du brut, taux indicatif correspondant à la moyenne admise par l’administration et devant refléter la réalité des charges supportées.
• Dotations amortissement des équipements scientifiques ;
• Frais de sous-traitance auprès d’organismes agréés (plafond : deux fois les dépenses internes) ;
• Dépenses de veille et brevets (normalisation, certificats d’obtention végétale, défense juridique) ;
• Frais de fonctionnement forfaitaires : ajoutez d’office 50 % du total salaires éligibles et 75 % des dotations aux amortissements.

Les dépenses innovation (CII) des PME tels que les prototypes, les design,les tests, sont créditées à 20 % dans la limite de 400 k €.

Bon à savoir

Les subventions publiques dédiées à la recherche doivent être déduites de l’assiette de calcul sous peine de redressement URSSAF et fiscal.

‍

3. Comment obtenir et calculer le crédit d’impôt recherche (CIR) ?

Vous pouvez sécuriser votre crédit d’impôt recherche en quatre étapes : évaluer les projets R&D, collecter les justificatifs, calculer le montant et remplir la déclaration fiscale. Chaque phase s’appuie sur la méthodologie officielle du MESRI, et sur le contrôle humain de votre expert malibou.

Identifier les projets éligibles (grille MESRI)

La grille d’évaluation MESRI sert de filtre : caractère scientifique ou technique nouveau, existence d’un « verrou », méthodologie rigoureuse et création de connaissances (prototype, publication, brevet). Cocher ces critères protège votre dossier lors d’un contrôle, car l’administration applique exactement la même matrice d’analyse

Collecter pièces comptables et fiches de temps

Rassemblez feuilles de présence, contrats de sous-traitance agréée, factures d’équipements et bulletins de salaire ventilés. Ces documents forment l’assiette de dépenses que l’administration croisera avec votre déclaration CIR.

Calculer le montant du CIR

Appliquez le barème : 30 % jusqu’à 100 M € (5 % au-delà) ou 50 % en outre-mer, sur la base des dépenses nettes de subventions.

Déclarer et imputer le CIR

Déposez le formulaire 2069-A-SD avec la liasse fiscale. . Vous imputez la créance sur l’impôt société ou demandez le remboursement immédiat si vous êtes PME ou JEI, ce qui réduit l’impact sur votre trésorerie.

Avec cette méthode structurée votre CIR devient un levier financier maîtrisé, plutôt qu’un risque fiscal latent.

Bon à savoir

Les grandes dates à retenir

• Entre mars et mai de l’année N + 1 : période durant laquelle vous devez déposer votre déclaration de Crédit Impôt Recherche (CIR) au service des impôts.
• Dans les 3 ans qui suivent ce dépôt : c’est le délai de reprise de droit commun, pendant lequel l’administration fiscale peut contrôler et rectifier votre CIR.

Ce délai peut toutefois être porté à 10 ans en cas de manquement grave, activité occulte ou fraude fiscale.

Constat : le nombre d’entreprises bénéficiaires du CIR chute fortement

• 2023 : 21 695 sociétés ont obtenu le Crédit Impôt Recherche.
• 2024 : seulement 15 693 dossiers validés, soit -28 %, un recul lié au durcissement des contrôles et à des pièces justificatives jugées incomplètes.

À retenir

Pour rester éligible, préparez un dossier irréprochable avec un rapport scientifique clair qui démontre la démarche de recherche et des fiches projet détaillées (objectifs, méthodologie, résultats, coûts).

Ils nous font confiance : Avis Malibou : Uplaw a choisi une Solution Paie SIRH moderne

‍

4. Comment comptabiliser le CIR ?

Le CIR s’enregistre d’abord en diminution de l’impôt sur les bénéfices :

• On débite le compte 444 « État – Impôts sur les bénéfices » ;
• Et l’on crédite le compte 695 « Impôt sur les bénéfices ».

Si, au contraire, l’entreprise choisit ou obtient un remboursement, on débite toujours le 444 mais on crédite cette fois le 4417 « État – Crédits d’impôt à recevoir ».

Ces deux écritures couvrent l’ensemble des cas de figure. Pour les PME et les JEI, la créance se transforme en trésorerie immédiate, tandis que les autres sociétés peuvent la reporter sur l’impôt des trois exercices suivants.

Ensuite, avant la clôture des comptes, il est essentiel de vérifier l’exacte concordance entre la créance inscrite et le montant déclaré (ligne 8WD de la liasse fiscale) : toute divergence relevée au cours d’un contrôle peut entraîner un rappel d’IS assorti d’intérêts.

Pour fiabiliser la démarche, mieux vaut intégrer ces écritures dans un planning partagé Finance–R&D. Ainsi, la créance ne reste pas « hors bilan », la trésorerie prévisionnelle gagne en visibilité, et l’entreprise peut plus facilement mobiliser le CIR auprès de sa banque.

Bon réflexe

Adosser la comptabilisation à un planning partagé Finance-R&D pour que la créance ne demeure pas « hors bilan ». Cela procure une visibilité cash et facilite l’obtention de financements bancaires en mobilisant la créance auprès de l’État.

Pour mieux comprendre : Pourquoi Choisir malibou : Paie & RH Simplifiés

‍

5. Comment prévenir les risques de contrôle grâce à l’accompagnement de malibou ?

Un contrôle CIR peut survenir jusqu’à quatre ans après la déclaration. La plupart des redressements proviennent d’un dossier incomplet ou d’une traçabilité insuffisante des temps. Contrairement aux plateformes 100 % automatisées, malibou s’appuie sur un expert dédié qui :

• Vous alerte en cas d'anomalie rencontrée
• Vérifie les temps, salaires et taux avant clôture paie
• Vous disposez d'un espace de déclaration des temps par projet qui vous permet de constituer votre dossier du CIR

Avec malibou, le CIR n’est plus un pari fiscal : c’est une ligne de financement maîtrisée, pilotée et intégrée à vos processus RH et paie.

Pour aller plus loin : Cotisations et Taxes 2025 : Ce qui Change pour les Entreprises

‍