Obtenir le crédit d’impôt recherche ne relève pas du coup de chance : c’est un exercice de persuasion chiffrée où chaque ligne de dépense, chaque taux et chaque formulaire doivent convaincre l’administration que votre R & D crée bel et bien de la science. Ce guide dissèque, point par point et sources à l’appui, l’ensemble des critères d’éligibilité CIR, de la nature des projets jusqu’au montage du dossier
1. Qui est éligible au CIR ?
Avant d’engager la moindre dépense, il faut vérifier que l’activité, le projet et l’entreprise correspondent aux critères fixés par l’article 244 quater B du CGI.
Entreprises éligibles
Toutes les entreprises, quels que soient leur forme juridique, leur taille ou leur régime fiscal, peuvent prétendre au CIR dès lors qu’elles sont imposées à l’IS ou à l’IR. Les PME et JEI bénéficient, en plus, d’un remboursement immédiat de la créance .
Projets et activités éligibles
Un projet n’entre dans le périmètre du CIR que s’il casse un verrou scientifique ou technique clairement repéré par la grille MESRI : il doit repousser l’état de l’art, lever une incertitude réelle et suivre une méthode expérimentale structurée visant à produire des connaissances inédites. À l’inverse, la simple adaptation ou le travail de routine restent hors-jeu.
Dépenses éligibles
Pour qu’une entreprise valorise correctement son crédit d’impôt recherche, elle doit bâtir son assiette autour de quatre postes de coûts clairement définis par le Code général des impôts :
- Salaires des chercheurs et techniciens : ce sont les rémunérations brutes versées aux équipes affectées aux travaux de R&D. L’administration admet généralement un forfait de charges sociales de l’ordre de 43 % du salaire brut, à condition qu’il reflète la réalité des charges effectivement supportées.
- Amortissements des matériels scientifiques : laboratoires, bancs de test, logiciels de modélisation. Seule la fraction d’usage liée à la recherche est prise en compte, calculée prorata temporis sur la durée d’amortissement comptable.
- Sous-traitance agréée : les prestations réalisées par des organismes publics ou privés titulaires d’un agrément CIR sont éligibles, mais dans la limite de deux fois les dépenses internes de personnel. Ce plafond évite qu’une entreprise externalise 100 % de ses travaux tout en captant l’intégralité du crédit.
- Veille, brevets et frais de fonctionnement forfaitaires : les coûts de veille technologique et de protection de la propriété intellectuelle (dépôts, extensions, oppositions) sont intégrés, tout comme les frais de fonctionnement forfaitaires fixés à 50 % des salaires et 75 % des amortissements (source : economie.gouv.fr). Ces coefficients couvrent les coûts indirects : électricité, consommables, loyer des locaux techniques.
Maîtriser ces quatre postes, c’est sécuriser l’assiette fiscale et maximiser le montant du CIR sans risquer de requalification lors d’un contrôle. Votre expert dédié malibou vous aide à documenter chaque euro de dépense en rapprochant bulletins de paie, immobilisations et contrats de sous-traitance. Ainsi, vous déposez un dossier solide auprès de l’administration.
À noter
Taux CIR 2025 : 30 % sur les dépenses de R&D jusqu’à 100 M €, 5 % au-delà, et 50 % pour les projets menés dans les départements d’outre-mer (source : economie.gouv.fr).
Traçabilité et déduction des subventions : sécuriser l’assiette de votre CIR
Retenez qu’une subvention publique doit être déduite de l’assiette, faute de quoi l’administration redressera. Documentez chaque dépense dans un dossier numéroté, le vérificateur exige une traçabilité ligne à ligne.
En effet, l’enjeu est double : sécuriser le taux applicable et justifier la nature scientifique ou technique des travaux. Sans ces preuves, l’administration (DGFiP ou MESRI) pourra requalifier tout ou partie du crédit, entraînant reprise d’impôt, intérêts de retard et pénalités. En amont, un expert paie malibou vérifie la concordance entre fiches de temps, bulletins et tableaux CIR ; vous évitez ainsi les écarts salariaux qui déclenchent le contrôle.
2. Comment déterminer le CIR ?
La méthode officielle se résume à quatre phases : identifier, comptabiliser, calculer, déclarer. Mais la rigueur documentaire fait la différence entre un avantage fiscal sécurisé et un dossier contesté.
Identifier et documenter les projets
Utilisez la grille MESRI : chaque lot de travail doit montrer une avance technique, un verrou et un résultat mesurable (prototype, brevet, publication). Rédigez des fiches-projets : objectif, état de l’art, protocoles, résultats.
Calculer l’assiette et le montant
Ensuite, additionnez les dépenses nettes de subventions, appliquez le taux (30 % ou 50 % DOM) pour obtenir le montant en euros. Les frais de fonctionnement se calculent automatiquement à 50 % des salaires et 75 % des amortissements.
À noter
malibou injecte ces règles dans son tableur sécurisé, relié à la paie.
Déclarer et obtenir le crédit
Remplissez le formulaire 2069-A-SD et joignez-le à la liasse fiscale de l’année N+1. Vous pouvez demander un rescrit pour sécuriser l’éligibilité. Vous pouvez demander un rescrit pour sécuriser l’éligibilité. L’administration dispose de trois mois à compter de la réception d’un dossier complet pour répondre. Sans réponse à ce terme, l’avis est réputé favorable. En cas de créance, impute-la sur l’IS ou sollicitez le remboursement (PME/JEI) .
Une fois la déclaration envoyée, conservez votre dossier au minimum trois ans, délai de reprise de droit commun. Ce délai peut être porté à dix ans en cas de fraude ou d’activité occulte..
À consulter : Cotisations et Taxes 2025 : Ce qui Change pour les Entreprises
3. Qui doit faire le CIR ?
La question dépasse la simple saisie du formulaire. Elle touche à la responsabilité documentaire et au dialogue avec l’administration.
Rôle de l’entreprise et de ses équipes
Le service R&D décrit les travaux, le service financier valorise les coûts, le comptable renseigne le formulaire. Chaque acteur détient une pièce du puzzle. La communication interne est donc primordiale.
Apport d’un expert externe
Un consultant CIR peut rédiger le rapport scientifique et assister au contrôle, mais il ne rapproche pas toujours les bulletins de paie et la comptabilité.
Pourquoi malibou fait la différence
Contrairement aux solutions automatisées, malibou combine plateforme SaaS et expert dédié qui :
- Vérifie les temps, salaires et taux avant clôture paie
- Vous alerte en cas d'anomalie rencontrée
- Vous disposez d'un espace de déclaration des temps par projet qui vous permet de constituer votre dossier du CIR
Le tout pour un tarif fixe de 26 €/mois, sans surcoût pour les bulletins correctifs. Pour un dirigeant, c’est l’assurance d’un CIR bien effectué, d’une paie fiable et d’un dossier prêt en cas de contrôle.
En pratique, le mix « accompagnement + logiciel complet» réduit les régularisations et libère du temps RH. C’est un argument décisif en phase d’audit investisseur. À la différence d’un robot, l’expert malibou contextualise vos projets et veille à ce que chaque euro déclaré soit justifiable. Vous transformez ainsi un dispositif fiscal complexe en ligne de financement récurrente, tout en gardant la main sur vos données.
